Last Order rozpoczyna się, gdy nanotechnologia Desty Nova wskrzesza Alitę w latającym mieście Tiphares. Czarne sekrety miasta zostają brutalnie ujawnione, ale wydaje się, że jest to niewielka część skomplikowanego świata. Udając się w kosmos ze starymi i nowymi firmami, aby dowiedzieć się więcej o swojej zapomnianej przeszłości, a także w poszukiwaniu zaginionego przyjaciela Lou Collinsa, Alita zostaje uwikłana w międzyplanetarną bitwę między głównymi potęgami skolonizowanego Układu Słonecznego. Po drodze zawiera sojusz z trzema Replikami Alita, które teraz zaczęły wierzyć w siebie, niesmacznym superhakerem i samą Novą, kiedy bierze udział w Turnieju Zenith of Things (ZOTT), konkursie walki odbywającym się co 10 lat. W tym sposób, w jaki Ziemia pojawiła się po katastrofalnej zimie, która zmiotła większość publiczności na całej długości narracji, pokazano więcej historii dotyczącej ustawienia Battle Angel Alita, która nie została ujawniona we wcześniejszym ciągu.
