W 2065 roku Ziemia znajduje się w centrum wojny z kosmitami o dodatkowych wymiarach zwanymi Nova. Siły zbrojne rozwijają i szkolą Pandoras, córki, które potrafią wykorzystać specjalną tkankę genetyczną zwaną stygmatami (Seikon), aby pokazać nadludzkie systemy i umiejętności walki. Wspierający Pandoras to męscy partnerzy zwani Limiterami, którzy wykorzystują szczególne uprawnienia „zamrażające”, aby ograniczyć swobodę konkurencji.
Każdy z tych ograniczników to Kazuya Aoi, którego zmarła siostra była Pandorą. Kazuya spotyka silną Pandorę, Satellizer el Bridget, zwaną Nietykalną Królową, na temat jej bezdusznego stylu i ekstremalnej aefobii podczas nauki w West Genetics Academy w Japonii. Pomimo ostrzeżeń ze strony kolegów ze szkoły, aby omijać Satellizer, zostaje zaprzyjaźniona z Kazuyą i prosi, aby została jej Ogranicznikiem. Satellizer zgadza się z nim spotykać, mimo że wkrótce wpada w zakochaną rywalizację o imieniu Rana Linchen, która uważa, że Kazuya jest jej bratnią duszą po tym, jak wspierał ją w kilku walkach z przeciwnikami z uczelni zmieniającymi pozycje i kursy. Kiedy Novowie napadają na swoją uczelnię, wykorzystując kontrolowane przez nich Pandoras, aby uzyskać dostęp do podziemnego laboratorium instytucji, ich konkurencja zostaje odrzucona.
Satellizer i Kazuya dołączają do kilku uczniów West Genetics w laboratorium na Alasce, gdzie mogą pomagać razem przy zadaniu Evolution Pandora (E Pandora), pozwalając normalnym kobietom na przeszczepienie stygmatów w Pandoras. Kiedy jeden z E Pandoras wpada w szał, pozostali zastanawiają się, czy leki w trakcie eksperymentu nie są niebezpieczne, ale są zmuszane do przestrzegania życzeń organizacji biznesowej, a także menedżera. Po odkryciu, że dopóki nie zostaną zużyte, zostaną wykorzystane, E-Pandora Amelia Evans kieruje buntem, który eskaluje do pełnej mocy na Nova Clash.
Kazuya dowiaduje się więcej o powiązaniach swojej rodziny z Novą i Pandorą. Dziadek Kazuyi, Gengo Aoi, znalazł tę samą pracę, co stawia Rana i Satellizer w wyjątkowym zespole kobiet o nazwie Valkyries. Niemniej jednak podczas całej demonstracji z zaprojektowaną na zamówienie Nova, która jest atrapą, Pandorowie doświadczają złudzeń, a manekin Novas staje się legionem setek Nova, które dziesiątkują Genetykę. Gengo przeciwdziała temu, uwalniając Legendarne Pandory, które są ciotkami Kazuyi. Chevalier próbuje zabić Gengo, zatrudniając kilku skazańców zwanych Busters, kiedy kilku Legendarnych Pandor zamienia się w śmiercionośne Novy, ale zadanie się rozpada.
