Akcja serialu rozgrywa się cztery lata po wydarzeniach z Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS, podczas których magiczna dziewczyna Nanoha Takamachi uratowała i adoptowała młodą dziewczynę o imieniu Vivio, która jest reinkarnacją Sankt Kaiser, Olivii Segbrecht. Po rozpoczęciu czwartej klasy szkoły podstawowej Vivio otrzymuje własne urządzenie wywiadowcze, Sacred Heart, i zyskuje moc przemiany w swoim dorosłym trybie Sankt Kaiser. Wkrótce spotyka dziewczynę o imieniu Einhart Stratos, która podobnie jak Vivio jest potomkinią innego władcy Sankt Kaiser, Clausa GS Ingvalta. Gdy Einhart jest zdeterminowana, by udowodnić, że jej styl walki jest najsilniejszy, Vivio zaprzyjaźnia się z nią i wraz z przyjaciółmi bierze udział w turnieju sztuk walki, w którym walczą z różnymi magicznymi przeciwnikami i dowiadują się więcej o swoich poprzednich życiach.
