Venus Versus Virus kręci się wokół życia młodych dziewcząt o imieniu Sumire Takahana i Lucia Nahashi, które spotkały się, gdy Sumire w tajemniczy sposób odkryła sekrety Lucii w Venus Vanguard, grupie, która poluje na demony zwane „Wirusem”, kierowane przez adoptowanego ojca Lucii, Nahashiego. Teraz, przyjmując pracę od ludzi, którzy znaleźli broszurę Venus Vanguard, walczą z „wirusem”, szukając swoich prawdziwych korzeni i motywów. Lucia odkrywa, że Sumire może być o wiele bardziej przydatna, niż się wydaje.
