Historia toczy się dalej, gdy pierwszy sezon zakończył się zaledwie kilka miesięcy w przyszłość. Yuokai Gakuen został naprawiony i trwa nowy semestr. Tsukune i gang powracają, potężniejsi niż kiedykolwiek. Prawdziwa tożsamość Anti-Thesis zostaje uwolniona. Z nowymi przeciwnikami wyłaniającymi się na horyzoncie i czymś o wiele bardziej złowrogim niż gang kiedykolwiek wcześniej.
Tsukune walczy z potworem w sobie. Z pomocą Moki, Mizore, Kurumu, Ruby i Yukari. Tsukune trenuje, by zapanować nad swoją wampirzą krwią i zyskać siłę, by chronić to, co jest mu drogie.
Nowy sezon koncentruje się bardziej na dziewczynach, ich przeszłości i ich rodzinach. Czekają na nich nowe konfrontacje. Nowi przyjaciele i sojusznicy dołączą do nich u ich boku. Wspólnie odkryją tajemnice różańca Moki i jej rodowód…
