Świat jest w stanie izolacji. Przyczyną są tajemnicze jednostki głębinowe, które marynarka wojenna nazwała „Flotą Głębinową” i przejmowanie przez nie mórz, izolując od siebie wszystkie kraje świata. Nie chcąc po prostu siedzieć bezczynnie i pozwolić Flocie Głębinowej działać po swojemu, wszystkie kraje świata łączą swoje zasoby, aby stworzyć nową broń do walki z nimi… broń, która jest porównywalna mocą z pancernikiem… i to jest nazwa to: Dziewczyny z floty. Czy ta nowa broń wystarczy do walki z Flotą Głębinową? Czy chorąży, który właśnie został wysłany do bazy marynarki wojennej, w której przetrzymywane są „Fleet Girls”, będzie w stanie pomóc w ich walce… Tylko czas pokaże, kiedy wojna z Flotą Głębinową zacznie się rozwijać.
