W Tokio uznany za Shinto Teito w roku 2020, 19-letni Minato Sahashi jest bardzo inteligentny, ale z powodu swojej niezdolności do radzenia sobie z presją dwukrotnie nie zdał egzaminu wstępnego do college'u.
Minato spotyka dziewczynę o imieniu Musubi, która pewnego dnia spada do nieba. Minato wkrótce dowiaduje się, że jest „Sekirei”, która wybrała go na swojego „Ashikabi”, wśród tajemniczej grupy osób posiadających odziedziczoną cechę, która jest w stanie zawrzeć umowę – całując – z Sekirei. To pozwala im wykorzystać całą swoją moc w konfliktach usuwania z innymi Sekirei i wiąże Sekirei z nim. Składająca się ze 108 uroczych dziewczyn, piersiastych kobiet i bishōnen, bitwa Sekirei w konkursie zwanym „Planem Sekirei” utworzonym przez Hiroto Minakę, przewodniczącego i założyciela tajemniczej i potężnej korporacji MBI.
Minato szybko dowiaduje się, że bycie małżonkiem kobiety to nie tylko zabawa i gry, zwłaszcza gdy zostaje wybrany przez kilku innych Sekirei, z których każdy dodatkowo zawiera z nim umowę, jako ich Ashikabi. Teraz Minato powinien odkryć metodę przetrwania zagrażających życiu konfliktów Planu Sekirei i intensywnej rywalizacji jego towarzyszy o niego.
Sekirei to istoty o supermocy, używające innego kodu, tak jak osoba. Statek kosmiczny Sekirei rozbił się na Ziemi w 1999 roku na wyspie Kamikura i został odkryty przez dwóch uczniów, Hiroto Minaka (potencjalny przewodniczący MBI) i Takami Sahashi (potencjalny główny badacz MBI i mama Minato). Na pokładzie para odkryła 108 form życia, wyjaśnionych jako „Jeden filar i 107 piskląt”.
