Akcja tej mangi rozgrywa się w szkole, której uczniowie wzorują się na słynnych szogunach w historii Japonii. Sengoku Gakuen było kiedyś zwykłą szkołą, ale Oda Nobunaga, przewodniczący studentów, obalił nauczycieli i praktycznie uczynił ich bezsilnymi. Zbudował szkołę uczniów, dla uczniów i przez uczniów. Nobunaga ostatecznie ukończył szkołę i pozostawił Hideyoshiego na stanowisku studenckiego prezydenta. Jednak Hideyoshi wkrótce porzuca szkołę, aby pomóc Nobunadze rządzić Japonią, tak jak rządził Sengoku Gakuen.
Historia rozpoczyna się tutaj, gdy toczy się bitwa pomiędzy Ishidą Mitsunari, spiętym i konserwatywnym, a jednocześnie pracowitym chłopcem, a Tokugawą Ieyasu, tymczasowym dyrektorem szkoły, który ma wielu zwolenników, walczącym o fotel prezesa szkoły. W roli innych uczniów widzimy także inne znane postacie, takie jak Ootani Yoshitsugu, który lojalnie podąża za Mitsunari, i Oichi, młodszą siostrę Nobunagi. Kto zdobędzie stanowisko przewodniczącego samorządu uczniowskiego i obejmie dowództwo nad szkołą?
